TBT4507
Bioinformatikk og Forsøksplanlegging og dataanalyse, fordypningsemne
Høst
Trondheim
Norsk og Engelsk
Om emnet
Faglig innhold
Forsøksplanlegging og dataanalyse:-Usikkerhetsanalyse,-Hypotesetesting,-Enkel og Multippel lineær regresjon,-Forsøksplanlegging med to-nivå faktoriell forsøk,-Variansanalyse (ANOVA),-Ikke-parametriske metoder,-IBM SPSS for statistisk analyse.
Bioinformatikk: introduksjon til feltet bioinformatikk, som dekker genomsekvenseringsmetoder, genomsamling, sekvensjustering, evolusjon av gensekvenser, proteinstrukturer, annotering av proteinfunksjoner og relevante verktøy og databaser. Utvikling av Python-programmeringsferdigheter ved bruk av Jupyter-miljøet.
Læringsmål
Forsøksplanlegging og dataanalyse: Studenten har kunnskap om de grunnleggende statistiske modeller og metoder som benyttes innen naturvitenskap og teknologi. Studenten kan tolke resultater av hypotesetesting, regresjonsanalyse, forsøksplanlegging, variansanalyse og ikke-parametriske metoder. Studenten kan bruke dataprogrammer for statistiske beregninger og analyser.
Bioinformatikk: Studenten forstår genomsekvenseringsmetoder og deres begrensninger. Studenten kan anvende beregningsverktøy for genomsamling og annotering. Studenten kan forklare prinsippene og anvendelsene av sekvensjustering. Studenten kan trekke ut informasjon fra bioinformatiske databaser og skrive Python-skript for å behandle og analysere flere typer data. Studenten kan kombinere data fra forskjellige bioinformatiske databaser for å analysere funksjonen til gener og proteiner.
Læringsformer og aktiviteter
Forsøksplanlegging og dataanalyse: Forelesninger (24 t), øvinger (8 t) og selvstudium (64 t).
Bioinformatikk: Ukentlige forelesninger (8 x 3 timer) fordelt på teori (1 time) og dataøvelser (2 timer). Gruppeprosjekt og hjemmearbeid (selvstudium).