Bioinformatikk - metodeorientert prosjekt

Emnet gir en praktisk og teoretisk introduksjon til sentrale metoder innenfor bioinformatikk, inkludert sekvenssøking, parvis og multippel alignment, fylogenetisk analyse, genprediksjon, ontologi-baserte analyser, motivoppdaging og strukturprediksjon. Studentene får prøve ut de ulike metodene på realistiske problemstillinger gjennom PC-baserte øvinger. Studentene vil også gjennomføre et metodeorientert prosjekt som belyser teorien bak noen sentrale metoder. En individuell rapport fra implementering av en selvvalgt metode vil være basis for karaktersetting. Emnet retter seg særlig mot studenter med informatikk-bakgrunn som ønsker en introduksjon til sentrale metoder som brukes til å analysere molekylærbiologiske data.

Emnet overlapper med MOL3021, med unntak av prosjektoppgaven.

Etter fullført og bestått emne skal studenten kunne:

• forklare hovedprinsippene i viktige algoritmer og metoder brukt i bioinformatiske verktøy, inkludert dynamisk programmering, skjulte Markovmodeller og neurale nett
• forklare funksjon og bruk av viktige bioinformatiske verktøy, særlig verktøy for analyser på sekvensnivå (genom, gen, RNA og protein)
• beskrive viktige formater for lagring og utveksling av bioinformatiske data
• beskrive innhold og bruk av viktige bioinformatiske databaser og web-portaler
• anvende bioinformatiske verktøy og databaser til å analysere relevante molekylærbiologiske data

Forelesninger og øvinger (PC-lab). Undervisningen blir gitt intensivt over 2 uker i vårsemesteret, og inkluderer innledende arbeid med prosjektoppgaven.

Undervisningen foregår på engelsk.